Alex e seus amigos estão de volta! Abandonados na ilha de Madagascar, os animais apoderam-se de um velho avião para voltarem a Nova York. Mas, em vez disso, o avião é obrigado a fazer um pouso de emergência no meio da planície africana, onde o grupo nascido e criado em cativeiro passará os próximos dias. Será que eles têm o que precisam para sobreviver na floresta e longe da cidade?